回顾自“十二五”医改规划我国建设全民医疗保障制度至今 ，总体上来看，我国业已建成覆盖城乡全体居民的多层次医疗保障制度，职工基本医疗保险 、新型农村合作医疗、城镇居民基本医疗保险和城乡医疗救助制度，分别覆盖从业人员、农村居民、城镇非从业居民和城乡困难群体。基本医疗保险制度基本覆盖全民 ，至2015年年末，全国城镇职工、城镇居民 、新农合参保人数达13.5亿 。城镇居民和新农合政府补助和个人缴费水平大幅提升 ，筹资水平不断提高 ，保障水平稳步提升。2015年，职工医保、城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用支付比例分别达到80%、70%和75%，居民医保和新农合门诊统筹普遍建立 ，政策范围内报销水平达50% 。2016年初 ，城镇居民医保和新农合政府补助标准进一步提高到420元。截至2016年9月，接近20个省级区域打破城乡户籍限制，整合城乡居民基本医疗保险制度 ，探索建立统一的管理服务体系。绝大多数省区建立了省内异地就医结算系统并实现异地就医实时结算，部分省份和地市开始探索跨省跨区域异地就医实时结算，并启动流动就业人员基本医疗保险转移接续工作。城镇基本医疗保险基本实现地级统筹，8省（区、市）实现了省级统筹，基金收支平衡和风险控制能力有所提高，医保待遇公平性有所改善。
虽然自2009年启动第三轮深化医药卫生体制改革、构建全民医疗保障体系建设取得了较大成效，但仍存在多个重要的问题亟待解决和完善：首先 ，基本医疗保险制度城乡分割，弊端日益凸显 ，整合城乡居民基本医保管理体制的政府部门分歧仍深刻存在，整合进程滞后于预期 。城乡制度分设、管理分割 、资源分散 ，重复参保、重复补贴 、重复建设经办机构和信息系统的情况十分严重，极大地浪费了原本紧张的医保资源 ，城乡待遇水平不均衡，不适应当前我国经济社会发展、城镇化快速推进的社会现实。其次，城镇居民 、新农合缺乏有效激励连续参保的缴费机制，城乡居民医保筹资机制缺乏可持续性，缺乏合理的医疗保险待遇调整机制 ，医保待遇福利化倾向严重，与之并存的是社会仍缺乏可有效运行的 、完备的“社会兜底”性机制。基本医疗保险的支出增长迅速 ，特别是2009-2012年期间因基本医保体系建成而释放的巨大就医需求和医疗资源供给的放量增长 ，使得医疗费用支出快速增长超过经济增长水平和医保基金的收入水平 。随着经济增长步入“新常态” ，医疗保险基金的长期平稳运行面临不断增加的巨大压力 。与此形成鲜明对照的是，居民个人疾病经济负担仍然较重，社会仍然有强烈的“继续增加医保保障范围和保障力度、继续大幅降低居民负担比例”的期望和呼声 。
随着医保筹资水平的不断提高 ，医保覆盖人群的不断扩展，不论是城镇职工及居民医保管理部门还是新农合管理和经办机构，当前的医保经办管理能力都难以全面实现对患者和医疗机构的有效监管 ，信息系统建设滞后于卫生和医保事业发展，医保支付制度改革推进缓慢 ，医保基金的赤字风险逐年增加，基金短缺压力日益凸显，基本医保制度的财务可持续性成为影响制度未来发展的决定性因素。据2014年《中国统计年鉴》显示，2013年开始 ，不论城镇基本医疗保险还是新农合 ，中国医疗保险基金支出的增长率由低于收入增长率开始转变为高于收入增长率，预示着不远的将来会出现基金收不抵支的情况。2013年，全国有225个统筹地区城镇职工医保资金出现收不抵支，占全国城镇职工统筹地区的32% ，其中22个统筹地区将历年累积结存全部用完。在城镇居民医保方面，全国有108个统筹地区收不抵支。从城镇基本医疗保险基金（含职工和居民）的总体收支情况来看，支出增速已多年超出收入增速，加强医保控费后，2015年情况略有所好转。如果从统筹账户的累计结存来看，每年仍有增长，但考虑到支出规模不断扩大，城镇医保的当年结余率和累计结余率持续下滑。而且，累计结存中存在一次性交资金约2000亿元 ，包括财政对关停并转企业的一次性补贴、个人补缴预缴等资金，剩余部分实际上达不到人社部至少备付6个月的规定。2015年中发布的华中科技大学承担的教育部重大研究课题《中国卫生事业发展报告（2014）》指出，医保基金将在2017年出现全国范围的收不抵支 ，若不强化增收节支控费管理，2022年医保基金将会出现严重穿底 。
由于基本医保筹资机制设计的不完善，使得医保基金可持续性受到威胁的可能性在持续增加，医疗卫生体系仍存在着严重的资源浪费 、诱导需求和不合理滥用现象，又进一步对医疗保险基金安全运行构成威胁。一方面政府财政未来的状况难以支撑对整合后的城乡居民医保的补贴力度继续持续 、快速增长；另一方面 ，我国基本医疗保险筹资结构和责任分担失衡 ，单位和政府缴费责任过重，参保人个人缴费水平过低 ，个人未能合理分担健康支出责任 ，退休职工不缴费原则在人口快速老龄化趋势下成为巨大隐忧。在当前的医疗卫生体系下，居民健康预防不足 ，患者无序就医，分级诊疗缺失，越级诊疗严重，也极大消耗了原本紧张的基本医保基金资源 。与此同时，基本医疗保险制度还面临着未来需要增进不同基本医疗保险制度之间待遇公平性 、消弭地区待遇差别和保障社会弱势群体医疗服务可及性及覆盖重特大疾病医保保障的要求。
